git add .は、作業中のカレントディレクトリ配下の変更を、gitのインデックスに登録する。
git add -Aは、git initしたディレクトリの配下(gitの管理下にある全ディレクトリ)の変更を、gitのインデックスに登録する。
git commitをする前の操作で、git add -Aが使われているのを見かけて気になったので調べました。
gitの操作は基本的にターミナル*1での作業のみで、プロジェクトのルートディレクトリ*2以外でgitコマンドを使うことがなかったので気にしてませんでしたが、作業ディレクトリをあちらこちらと移動する場合は、git add -Aを使う方が良いかもしれません。